يقع مسجد يوسف أغا الحين جهة اليمين فى أول شارع الحين فى ميدان أحمد ماهر (ميدان باب الخلق سابقاً عند تقاطع شارعى بورسعيد (الخليج المصرى سابقاً) والقلعة (محمد على سابقاً) بمنطقة الدرب الأحمر جنوب القاهرة، وهو مرتفع عن مستوى الشارع وواجهاته الأربع خالية، وتمت كسوة بابه الرئيسى بالرخام الملون المنقوش والمكتوب.
صاحب المسجد الذي بني عام (1024هـ-1525م) هو الأمير يوسف أغا الحين، وكان من كبار أمراء الجراكسة وتوفي عام 1646م، وتخطيط الجامع على طراز المدارس المملوكية ذات الأواوين المتعامدة على الدرقاعة (الصحن)، إذ يتكون الجامع من درقاعة (صحن) وسطى مغطاة بسقف خشبى، يتعامد عليها إيوانان أحدهما جنوبى شرقى هو إيوان القبلة، وهو الأكبر.
ويقابله الإيوان الثانى وهو الإيوان الشمالى الغربى وترتفع أرضية كل إيوان عن أرضية الدرقاعة، التى يشرفان عليها من خلال عقد مدبب، وتتعامد على جانبى الدرقاعة كذلك سدلتان جانبيتان، بواقع سدلة لطيفة بالجهة الجنوبية الغربية، وأخرى بالجهة الشمالية الشرقية مقابلة لها وهذا التخطيط يشبه مخطط جامع محب الدين أبى الطيب بالخرنفش (934 – 936هـ / 1527 – 1529م).
وملحق بالمسجد سبيل يعلوه كتاب، وحجرة التسبيل مستطيلة ضلعها الأكبر يقع على شارع بورسعيد وبه شباك التسبيل الوحيد بالسبيل، ويتقدم شباك التسبيل من الخارج مسطبة يقف عليها المارة أثناء الشرب، وبواجهة السبيل ناحية اليسار مدخل مستقل مخصص للسبيل والكتاب، ويوجد على إزار بالقرب من سقف حجرة التسبيل نص كتابي يبدأ بالبسملة ثم آية الكرسي يتبعها أذكار دينية تنتهى بعبارة: "الحمد لله وحده وكان الفراغ في شهر رجب سنة خمس وثلاثين بعد الألف والحمد لله وحده". وهذا التاريخ 1035 هـ يقابل 1625م.
وحجرة الكتاب التي تعلو السبيل مستطيلة تطل على الشارع بضلعها الأصغر وفيها بائكة من عقدين يرتكزان على عمود واحد في الوسط ويتوج البائكة رفرف من الخشب، وفي سنة 1938م قامت لجنة حفظ الآثار العربية ببناء سبيل ثان في الطرف الشمالي من واجهة جامع الحين البحرية في مكان ميضة الجامع القديمة والتي كانت قد هدمت ونقلت الى الجهة الجنوبية من الجامع نتيجة لفتح شارع محمد علي سنة 1873م (1290هـ) في عصر الخديوي اسماعيل.